بخش تحقیقات گیاه‌پزشکی کرمانشاه فعالیت خود را در مهرماه 1351 تحت عنوان آزمایشگاه بررسی آفات و بیماری‌های گیاهی آغاز کرد. در ابتدا این بخش با دو نفر پرسنل، شامل یک محقق و یک تکنسین فعالیت می‌کرد. تا سال ۱۳۵۲، فعالیت‌ها در اتاقی از اداره کل کشاورزی در یک ساختمان اجاره‌ای واقع در میدان فاطمیه انجام می‌شد. به‌ دلیل امکانات محدود و کمبود نیروی انسانی، تحقیق اولیه تنها بر روی آفات چغندرقند متمرکز بود.

در سال 1353 به منظور توسعه فعالیت‌ها در سراسر مناطق غرب کشور، طراحی و احداث یک آزمایشگاه مجهز که همان ساختمان فعلی است آغاز شد و در سال 1357 ساختمان تکمیل شد. پس از تحویل ساختمان جدید، بخش با 5 نفر محقق و اجرای 11 طرح تحقیقاتی تحت عنوان «بخش بررسی آفات و بیماری‌های گیاهی» به فعالیت خود ادامه داد.

با تشکیل مرکز تحقیقات کشاورزی کرمانشاه در سال 1367، این بخش به عنوان یکی از بخش‌های مهم زیرمجموعه مرکز به‌کار خود ادامه داد و در سال 1387 نام آن به «بخش تحقیقات گیاه‌پزشکی کرمانشاه» تغییر یافت. مهم‌ترین هدف از تأسیس این بخش، مطالعه و بررسی آفات، بیماری‌ها  و علف‌های هرز محصولات عمده کشاورزی منطقه بود و این اهداف همچنان به عنوان اهداف اصلی بخش دنبال می‌شوند.