واحد تحقیقات ژنتیک و ذخائیر توارثی باغبانی از واحدهای تحقیقات باغبانی این مرکز مسئولیت تحقیقات کاربردی، حفظ ذخایر ژنتیکی باغبانی جهت بهره برداری در برنامه های به نژادی، انجام تحقیقات به منظور دستیابی به ارقام و پایه های اصلاح شده گیاهان باغبانی، ترویج و انتقال یافته های تحقیقاتی را برعهده دارد.
تمرکز فعالیت های پژوهشی واحد تحقیقات باغبانی این مرکز عمدتا بر زیتون، هسته داران (هلو و شلیل) انجیر و پکان است. این فعالیت ها منجر به معرفی ارقام جدید زیتون به نام های دیره، مشکات، آوان و زاگرس شده است.